無論對于人類還是環境，水中含有硝酸鹽都是一個問題。因為硝酸鹽會轉變為容易引發癌癥的亞硝酸鹽。另外，硝酸鹽會在大海和海岸邊催生出大量的海藻。海藻泛濫會導致大量水生動物死亡。
德國地下水硝酸鹽污染的情況也在逐年增加。專家們擔心，硝酸鹽在地下水中含量超標的問題恐怕在未來幾年不會得到緩解。糞肥中的硝酸鹽成分通過耕地表面滲透進地下水的過程往往長達10年之久。
問題存在已久
歐盟范圍內地下水硝酸鹽污染問題最為嚴重的國家是馬耳他和德國。這一污染問題形成的主要原因是大規模畜牧養殖。
報道指出，德國境內養殖的生豬數量超過2700萬頭，肉牛、奶牛數量達到1300萬。另外再加上鄰國荷蘭和丹麥境內養殖的動物，這些動物的糞便最終落在農田上。而實際上只有一部分經濟作物適用于施加生物糞肥。大量多余的肥料滲入了地表水層和地下水層。
而這一切造成的危險也是顯而易見的。一些地區的自來水廠表示，過不了多久就將無法提供足夠的未受污染的飲用水。
由于地下水遭受污染，自來水供應在技術層面越來越復雜，成本也越來越高。德國聯邦環保局估測，今后自來水水價有可能會上漲50%。
歐盟控告德國政府不作為
為了防止農業畜牧業制造的硝酸鹽污染地表水和地下水，同時也為了改善歐洲水質，歐盟國家一同達成簽訂了“硝酸鹽規范指南”。這項規范指南要求歐盟所有國家都采取相應的保護措施。
歐盟委員會認為德國未能在防止地下水硝酸鹽污染的問題上采取嚴格措施而將德國告上歐洲法院。德國社民黨議會黨團農業問題專家普利斯邁爾警告說，現在德國有可能會面臨需接受高達數億歐元罰金的懲罰。
數年來，科學界和政界的專家們一直呼吁制定嚴格的規范，加強監控并對違反規定的企業實施處罰，這樣才能最終解決德國境內農田過度施肥以及連帶造成地下水受污染的問題。
其中一項有效的措施是讓農業經營者們都記錄糞肥的使用量，這樣可以終止過度施肥。如果有人在記錄中作假，一旦被發現就要面臨懲罰。在解決過度施肥問題以及保護地下水方面成績優異堪稱典范的國家是丹麥、法國和荷蘭。
